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L’Université de Rockefeller à New York s’est fait une spécialité de l’analyse génétique des bactéries présentes à la surface des sols. L’équipe vient d’annoncer qu’elle a ainsi découvert un nouvel antibiotique.
BIODIVERSITE. Depuis janvier 2015, le laboratoire de Sean Brady appelle toutes les bonnes volontés à le fournir en échantillon de sols. Il a même fait appel au Conservatoire des espaces naturels de l'Etat de New York, avec l'idée que l'antibiotique de demain était peut-être présent dans les marais situés à deux pas de leur université new-yorkaise. Car l'idée de ces chercheurs, c'est qu'il doit bien exister dans l'énorme diversité bactérienne des sols, des micro-organismes qui ont développé des résistances élargies afin de préserver ou d'élargir leur espace vital contre les bactéries concurrentes. Bon calcul, proclament aujourd'hui ces chercheurs dans Nature microbiology : un composé chimique, la malacidine, semble résister à toutes les attaques bactériennes.
Un gramme de sol contient 100.000 espèces de bactéries !
RESISTANCES. Le laboratoire utilise une technique de séquençage génétique qui permet de discriminer les 100 000 espèces de bactéries estimées vivant dans chaque gramme de sol pour une population totale variant entre 100 millions et un milliard selon la qualité du substrat. Cette richesse a longtemps été ignorée du fait de l'efficacité des antibiotiques mis sur le marché. Le développement des résistances change la donne. " Seulement une fraction de la diversité bactérienne est régulièrement cultivée en laboratoire et une petite part des molécules encodées par ces bactéries cultivées sont détectées par les expériences de fermentation, aussi la plupart du patrimoine bactérien reste caché dans le microbiome global ", écrivent les chercheurs en préambule de leur étude.
En allant donc à la pêche dans cet océan de vie, les généticiens ont remarqué la présence quasi permanente d'une molécule dans la plupart des échantillons de sols provenant d'endroits très différents aux Etats-Unis et qui n'était répertoriée dans aucuns travaux de laboratoire. Si la malacidine se retrouve aussi facilement dans le milieu naturel, c'est qu'elle doit jouer un rôle important se sont dits les biologistes. Pour le vérifier, le laboratoire a testé le composé sur des rats auxquels ont avait au préalable inoculé une souche multi-résistante de staphylocoque doré, une bactérie à l'origine de nombre d'affections nosocomiales. La malacidine s'est révélée efficace pour guérir ces plaies infectées.
Il est encore bien trop tôt pour clamer qu'une nouvelle classe d'antibiotiques a été découverte. Il faudra beaucoup de temps pour mener les essais cliniques nécessaires pour arriver à une utilisation pour l'homme. Mais le laboratoire de Sean Brady est en train de faire la démonstration que sa démarche peut s'avérer extrêmement judicieuse.
Sciences et avenir
BIODIVERSITE. Depuis janvier 2015, le laboratoire de Sean Brady appelle toutes les bonnes volontés à le fournir en échantillon de sols. Il a même fait appel au Conservatoire des espaces naturels de l'Etat de New York, avec l'idée que l'antibiotique de demain était peut-être présent dans les marais situés à deux pas de leur université new-yorkaise. Car l'idée de ces chercheurs, c'est qu'il doit bien exister dans l'énorme diversité bactérienne des sols, des micro-organismes qui ont développé des résistances élargies afin de préserver ou d'élargir leur espace vital contre les bactéries concurrentes. Bon calcul, proclament aujourd'hui ces chercheurs dans Nature microbiology : un composé chimique, la malacidine, semble résister à toutes les attaques bactériennes.
Un gramme de sol contient 100.000 espèces de bactéries !
RESISTANCES. Le laboratoire utilise une technique de séquençage génétique qui permet de discriminer les 100 000 espèces de bactéries estimées vivant dans chaque gramme de sol pour une population totale variant entre 100 millions et un milliard selon la qualité du substrat. Cette richesse a longtemps été ignorée du fait de l'efficacité des antibiotiques mis sur le marché. Le développement des résistances change la donne. " Seulement une fraction de la diversité bactérienne est régulièrement cultivée en laboratoire et une petite part des molécules encodées par ces bactéries cultivées sont détectées par les expériences de fermentation, aussi la plupart du patrimoine bactérien reste caché dans le microbiome global ", écrivent les chercheurs en préambule de leur étude.
En allant donc à la pêche dans cet océan de vie, les généticiens ont remarqué la présence quasi permanente d'une molécule dans la plupart des échantillons de sols provenant d'endroits très différents aux Etats-Unis et qui n'était répertoriée dans aucuns travaux de laboratoire. Si la malacidine se retrouve aussi facilement dans le milieu naturel, c'est qu'elle doit jouer un rôle important se sont dits les biologistes. Pour le vérifier, le laboratoire a testé le composé sur des rats auxquels ont avait au préalable inoculé une souche multi-résistante de staphylocoque doré, une bactérie à l'origine de nombre d'affections nosocomiales. La malacidine s'est révélée efficace pour guérir ces plaies infectées.
Il est encore bien trop tôt pour clamer qu'une nouvelle classe d'antibiotiques a été découverte. Il faudra beaucoup de temps pour mener les essais cliniques nécessaires pour arriver à une utilisation pour l'homme. Mais le laboratoire de Sean Brady est en train de faire la démonstration que sa démarche peut s'avérer extrêmement judicieuse.
Sciences et avenir