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Afrique du Sud : un variant du virus déjà très installé Avant que le Royaume-Uni ne donne l’alerte, les spécialistes sud

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  • Afrique du Sud : un variant du virus déjà très installé Avant que le Royaume-Uni ne donne l’alerte, les spécialistes sud

    21/12/2020

    Dans un centre d’essai de vaccins à l’hôpital Chris Hani Baragwanath de Soweto, au sud-ouest de Johannesburg, le 30 novembre.

    Dans un centre d’essai de vaccins à l’hôpital Chris Hani Baragwanath de Soweto, au sud-ouest de Johannesburg, le 30 novembre. Jerome Delay / AP
    « J’ai peur de ne pas avoir de bonnes nouvelles. » Le professeur Salim Abdool Karim n’est pas homme à sonner l’alarme inutilement. Depuis le début de la pandémie, l’épidémiologiste coordonne la réponse scientifique sud-africaine face au Covid-19, à la manière du docteur Anthony Fauci aux Etats-Unis. Il s’est imposé par son style clair et posé. Mais ce vendredi 18 décembre, il est inquiet.
    Un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été identifié en Afrique du Sud et semble se propager à une vitesse inédite. Les chercheurs sud-africains ont été les premiers à le découvrir. Ce sont eux qui ont alerté leurs homologues à travers le monde, menant à la découverte d’un variant proche de celui repéré au Royaume-Uni notamment.

    Comme une mise à jour de logiciel informatique, ce nouveau variant du SARS-CoV-2 possède un nom : « 501.V2 ». Identifié début octobre, « il a commencé à dominer très rapidement les échantillons que nous séquençons », analyse le virologue Tulio de Oliveira, à la tête du laboratoire sud-africain Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (Krisp). Mi-novembre, le variant « 501.V2 » représentait 90 % des génomes séquencés par les scientifiques sud-africains. Une proportion inédite.

    Très vite après l’apparition du SARS-CoV-2, différentes souches du virus sont apparues à la suite de diverses mutations. Ces mutations sont classiques dans l’évolution des virus. Mais la version « 501.V2 » est la seule, jusqu’ici, qui se soit imposée de la sorte parmi l’ensemble des génomes analysés. Une particularité qui laisse penser que ce variant se propage plus vite que les autres.

    « Plus contagieux mais moins graves »

    Alertés par leurs homologues sud-africains, les scientifiques britanniques, qui séquencent des génomes en grand nombre, estiment que le variant se propage plus rapidement que les autres. Si le nombre d’échantillons séquencés, plus faible en Afrique du Sud, ne permet pas encore de confirmer ces chiffres, les équipes sud-africaines ont observé que les échantillons prélevés sur les patients atteints de la version « 501.V2 » présentent une charge virale plus élevée que les autres, ce qui tend à confirmer l’idée d’un variant plus contagieux.

    Lire aussi : Les scientifiques intrigués par de nouvelles mutations du SARS-CoV-2
    https://www.lemonde.fr/sciences/arti...5_1650684.html

    Le nouveau variant est-il plus dangereux que les autres ?
    « Pour l’instant, rien ne semble l’indiquer », estime le professeur Tulio de Oliveira. En Afrique du Sud, les premières observations issues de la deuxième vague semblent montrer qu’à nombre de cas égaux, la mortalité entre la première vague et la deuxième est comparable. « C’est une comparaison imparfaite et les données sont vraiment préliminaires, mais à ce stade, elles ne montrent pas de signaux alarmants », veut rassurer le professeur Salim Abdool Karim.

    Comme tous les organismes, les virus évoluent afin d’assurer leur survie, rappelle le professeur Salim Abdool Karim. Or, « développer leur capacité à se transmettre est leur moyen de lutter contre l’extinction. Aussi, en général, les virus ont tendance à devenir plus contagieux mais moins graves, moins pathogènes et moins mortels au fil du temps », ajoute le médecin.

    En Afrique du Sud néanmoins, « les cliniciens sur le terrain nous ont fait savoir qu’ils ont l’impression de voir plus de jeunes gens gravement malades. Nous essayons de comprendre si ce phénomène est lié au nouveau variant du virus ou simplement au fait que plus de jeunes gens sont infectés actuellement », poursuit le professeur Richard Lessells du laboratoire Krisp. La deuxième vague sud-africaine, qui se propage plus rapidement dans certaines provinces que la première, est en effet emmenée par les 15-19 ans qui ont fêté la fin de leurs examens début décembre.

    Lire aussi Covid-19 : en Afrique du Sud, une « deuxième vague » qui touche surtout les jeunes.
    https://www.lemonde.fr/afrique/artic...2863_3212.html

    Le 4 décembre, constatant l’importance prise par la variante « 501.V2 » dans les échantillons séquencés en Afrique du Sud, le professeur Tulio de Oliveira a alerté l’Organisation mondiale de la santé (OMS). « Il les a avertis de cette découverte avant même que nous ayons pu en saisir la signification, ajoute le professeur Richard Lessells. Les spécialistes du Royaume-Uni ont alors analysé leurs données pour voir s’il y avait des séquences similaires. Et c’est là qu’ils ont découvert la présence, chez eux aussi, d’un variant. Les mutations repérées en Afrique du Sud et au Royaume-Uni ne sont pas les mêmes, mais ces deux évolutions ont en commun une des mutations que nous estimons importantes. »

    La question du vaccin.

    Ce qui a poussé les chercheurs sud-africains à sonner l’alarme n’est donc pas seulement la fréquence à laquelle ils rencontraient le nouveau variant dans leurs études, mais également la nature de la mutation observée. Dans le variant sud-africain, trois éléments d’une protéine clef du virus, le spicule (Spike protein en anglais), ont évolué − et l’une des ces mutations, la plus significative, se retrouve dans le variant britannique.

    Lire aussi En Afrique: « la course aux vaccins est semée d’obstacles, alors que les pays les plus riches ont sécurisé leurs doses »
    https://www.lemonde.fr/idees/article...2841_3232.html

    Si ces mutations inquiètent, c’est parce qu’elles touchent la protéine qui permet au virus de pénétrer dans le corps humain. C’est également sur cette protéine que se fixent les anticorps destinés à lutter contre le virus. Et c’est en observant le fonctionnement de celle-ci que la plupart des laboratoires ont mis au point des vaccins.

    Dès lors, le nouveau variant peut-il diminuer l’efficacité des vaccins qui arrivent sur le marché ? De la même manière, les personnes infectées par d’autres variants peuvent-elles être de nouveau infectées par la nouvelle lignée ? « Cette mutation est inquiétante parce qu’elle touche un élément utilisé par les anticorps pour neutraliser le virus, mais il faut souligner que les vaccins mis au point produisent une réponse immunitaire à large spectre. Nous pensons qu’une simple mutation a peu de chances de remettre en question la réponse au vaccin mais nous ne le saurons qu’une fois que des tests auront été menés en laboratoire », estime le professeur Richard Lessells.

    Eclairage : Comment fonctionnent les futurs vaccins contre le Covid-19
    En attendant, le professeur Abdool Karim se veut rassurant. « Il y a des raisons d’être inquiet face à un virus qui semble se propager rapidement, mais nous pouvons gérer ça. » Malgré les mutations, la nouvelle variante est détectée par les tests existants, la manière de s’en protéger reste la même que pour les variantes déjà connues et les traitements restent pour l’instant similaires. « C’est l’opportunité d’insister sur les mesures de prévention, sans pour l’heure avoir besoin d’adapter la stratégie », insiste l’épidémiologiste. « Ni de paniquer », poursuit le ministre de la santé sud-africain, Zweli Mkhize.

    Mathilde Boussion(Johannesburg)
    Dernière modification par Ismail, 22 décembre 2020, 11h47.
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