Tweet
Des joueurs du jeu en ligne Foldit ont réussi à trouver la structure d'une enzyme liée au sida du singe en quelques semaines. Les scientifiques butaient sur cette énigme depuis une dizaine d'années.
Dix ans que les scientifiques cherchaient la forme réelle d'une enzyme liée au sida chez un type de singe, le macaque rhésus. Il n'aura fallu que trois semaines à une équipe de joueurs en ligne pour trouver la solution, qui conduira peut-être à une avancée significative de la recherche contre le sida chez l'homme. Une performance réalisée grâce au serious game Foldit («plie-le» en anglais), développé par les départements d'informatique et de biochimie de l'Université de Washington.
Les protéines, dont font partie les enzymes, jouent un rôle vital dans le corps humain. Dans le cas du sida du singe, l'enzyme découverte, de type protéase rétrovirale, contribue à la prolifération du virus au sein de l'organisme. Pour pouvoir empêcher cette prolifération, les scientifiques doivent connaître la structure réelle, en trois dimensions, de cette enzyme, afin de pouvoir créer un médicament capable de la stopper.
Or, s'il est relativement aisé de connaitre la composition d'une protéine, il est beaucoup plus difficile de connaître sa forme en trois dimensions. Les protéines sont composées d'acides aminés reliés entre eux par des liaisons dites peptidiques. Ces dernières peuvent pivoter ou se plier, afin de donner à la protéine sa forme finale. Les combinaisons possibles sont immenses. Et les ordinateurs utilisés par les scientifiques peinent à «deviner» quelle combinaison est la plus efficace.
Mettre en commun l'intelligence humaine
C'est ici que le jeu en ligne Foldit intervient. Son créateur, Seth Cooper, est parti d'un constat simple. «Les gens ont des capacités de raisonnement dans l'espace bien supérieures à celle des ordinateurs», explique-t-il. Dès lors, plutôt que regrouper la puissance de plusieurs ordinateurs pour effectuer des calculs compliqués, Foldit va mettre en commun des cerveaux humains grâce un jeu vidéo.
Le jeu propose donc aux joueurs, seuls ou en équipe, de «triturer» les chaînes d'acides aminés d'une protéine virtuelle pour trouver sa véritable forme, en respectant les règles de base de la chimie. Au départ, Foldit ne comprenait que des protéines dont la forme réelle était connue des scientifiques. En faisant manipuler ces modèles en trois dimensions par des humains, les créateurs du jeu cherchaient à comprendre les mécaniques du cerveau humain permettant de raisonner dans l'espace. Des données qui pouvaient être exploitées ultérieurement pour améliorer les capacités de calcul des ordinateurs.
Près de 240.000 personnes ont joué à Foldit depuis son lancement en 2008. Et les biochimistes ne sont pas les plus doués à ce jeu de puzzle. Toujours en 2008, des joueurs de Foldit ont participé à une compétition internationale de pliage de protéines. Et contre toute attente, ces amateurs ont tenu la dragée haute aux scientifiques.
L'un des joueurs les plus doués n'était âgé que de 13 ans à l'époque. Interrogé par les chercheurs sur son raisonnement pour trouver la meilleure combinaison, ce dernier se contenta de hausser les épaules en répondant que cela lui «paraissait mieux comme ça», relate Wired. «Foldit est la preuve qu'un jeu peut transformer un novice en un expert», souligne Zoran Popovic, professeur d'informatique à l'Université de Washington
Une découverte publiée dans la revue Nature
Récemment, les créateurs de Foldit se sont lancés dans un nouveau défi : faire plancher les meilleurs joueurs sur la structure de protéines sur lesquelles la communauté scientifique bute. C'est ainsi que l'équipe «Contender», composée d'une quinzaine de personnes, s'est penchée sur l'enzyme du macaque rhésus. «Les joueurs ont des profils variés, certains travaillent dans l'informatique ou dans le milieu scientifique, mais les meilleurs sont en dehors de tout ça», explique «Mimi», qui appartient à l'équipe Contender, à MSNBC. «L'une des principales fonctionnalités de Foldit est la fonction de discussion instantanée, intégrée au jeu. Les membres de Contender habitant au Canada, aux États-Unis, en Europe et en Nouvelle-Zélande, c'était essentiel pour pouvoir communiquer.»
En une dizaine de jours, les joueurs ont trouvé une structure probable de l'enzyme. Cette réponse a été transmise aux scientifiques, qui ont affiné pendant plusieurs jours le modèle proposé par les joueurs. En s'appuyant sur les idées de ces amateurs, ils ont pu trouver le modèle exact de la protéine. Cette découverte a donné lieu à un article publié dans la revue Nature. «Nous avons résolu une petite pièce du puzzle qui nous permettra de combattre le sida», explique l'auteur de l'article, Firas Khatis, biochimiste à l'université de Washington, à MSNBC.
«Les résultats publiés cette semaine montrent qu'en combinant les jeux, la science et l'informatique, on parvient à des avancées qui n'étaient pas envisageables jusqu'alors», explique Seth Cooper. Pour certains scientifiques, l'expérience Foldit montre que le jeu pourrait aussi révolutionner la manière d'enseigner les mathématiques et les sciences à l'école.
Figaro
Dix ans que les scientifiques cherchaient la forme réelle d'une enzyme liée au sida chez un type de singe, le macaque rhésus. Il n'aura fallu que trois semaines à une équipe de joueurs en ligne pour trouver la solution, qui conduira peut-être à une avancée significative de la recherche contre le sida chez l'homme. Une performance réalisée grâce au serious game Foldit («plie-le» en anglais), développé par les départements d'informatique et de biochimie de l'Université de Washington.Les protéines, dont font partie les enzymes, jouent un rôle vital dans le corps humain. Dans le cas du sida du singe, l'enzyme découverte, de type protéase rétrovirale, contribue à la prolifération du virus au sein de l'organisme. Pour pouvoir empêcher cette prolifération, les scientifiques doivent connaître la structure réelle, en trois dimensions, de cette enzyme, afin de pouvoir créer un médicament capable de la stopper.
Or, s'il est relativement aisé de connaitre la composition d'une protéine, il est beaucoup plus difficile de connaître sa forme en trois dimensions. Les protéines sont composées d'acides aminés reliés entre eux par des liaisons dites peptidiques. Ces dernières peuvent pivoter ou se plier, afin de donner à la protéine sa forme finale. Les combinaisons possibles sont immenses. Et les ordinateurs utilisés par les scientifiques peinent à «deviner» quelle combinaison est la plus efficace.
Mettre en commun l'intelligence humaine
C'est ici que le jeu en ligne Foldit intervient. Son créateur, Seth Cooper, est parti d'un constat simple. «Les gens ont des capacités de raisonnement dans l'espace bien supérieures à celle des ordinateurs», explique-t-il. Dès lors, plutôt que regrouper la puissance de plusieurs ordinateurs pour effectuer des calculs compliqués, Foldit va mettre en commun des cerveaux humains grâce un jeu vidéo.
Le jeu propose donc aux joueurs, seuls ou en équipe, de «triturer» les chaînes d'acides aminés d'une protéine virtuelle pour trouver sa véritable forme, en respectant les règles de base de la chimie. Au départ, Foldit ne comprenait que des protéines dont la forme réelle était connue des scientifiques. En faisant manipuler ces modèles en trois dimensions par des humains, les créateurs du jeu cherchaient à comprendre les mécaniques du cerveau humain permettant de raisonner dans l'espace. Des données qui pouvaient être exploitées ultérieurement pour améliorer les capacités de calcul des ordinateurs.
Près de 240.000 personnes ont joué à Foldit depuis son lancement en 2008. Et les biochimistes ne sont pas les plus doués à ce jeu de puzzle. Toujours en 2008, des joueurs de Foldit ont participé à une compétition internationale de pliage de protéines. Et contre toute attente, ces amateurs ont tenu la dragée haute aux scientifiques.
L'un des joueurs les plus doués n'était âgé que de 13 ans à l'époque. Interrogé par les chercheurs sur son raisonnement pour trouver la meilleure combinaison, ce dernier se contenta de hausser les épaules en répondant que cela lui «paraissait mieux comme ça», relate Wired. «Foldit est la preuve qu'un jeu peut transformer un novice en un expert», souligne Zoran Popovic, professeur d'informatique à l'Université de Washington
Une découverte publiée dans la revue Nature
Récemment, les créateurs de Foldit se sont lancés dans un nouveau défi : faire plancher les meilleurs joueurs sur la structure de protéines sur lesquelles la communauté scientifique bute. C'est ainsi que l'équipe «Contender», composée d'une quinzaine de personnes, s'est penchée sur l'enzyme du macaque rhésus. «Les joueurs ont des profils variés, certains travaillent dans l'informatique ou dans le milieu scientifique, mais les meilleurs sont en dehors de tout ça», explique «Mimi», qui appartient à l'équipe Contender, à MSNBC. «L'une des principales fonctionnalités de Foldit est la fonction de discussion instantanée, intégrée au jeu. Les membres de Contender habitant au Canada, aux États-Unis, en Europe et en Nouvelle-Zélande, c'était essentiel pour pouvoir communiquer.»
En une dizaine de jours, les joueurs ont trouvé une structure probable de l'enzyme. Cette réponse a été transmise aux scientifiques, qui ont affiné pendant plusieurs jours le modèle proposé par les joueurs. En s'appuyant sur les idées de ces amateurs, ils ont pu trouver le modèle exact de la protéine. Cette découverte a donné lieu à un article publié dans la revue Nature. «Nous avons résolu une petite pièce du puzzle qui nous permettra de combattre le sida», explique l'auteur de l'article, Firas Khatis, biochimiste à l'université de Washington, à MSNBC.
«Les résultats publiés cette semaine montrent qu'en combinant les jeux, la science et l'informatique, on parvient à des avancées qui n'étaient pas envisageables jusqu'alors», explique Seth Cooper. Pour certains scientifiques, l'expérience Foldit montre que le jeu pourrait aussi révolutionner la manière d'enseigner les mathématiques et les sciences à l'école.
Figaro
Commentaire