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Plongée dans le plasma d'un patient convalescent, la souche originale du virus SARS-CoV-2 ne tarde pas à muter pour échapper aux anticorps et aux lymphocytes T. Des changements extrêmement rapides et inquiétants à plusieurs titres.
Les résultats de cette étude pré-publiée sur le site bioRxiv font froid dans le dos. Une équipe de chercheurs vient de mettre en évidence la capacité incroyable du virus à muter pour échapper aux anticorps. Les chercheurs, menés par Rino Rappuoli (le chef de la R&D externe de GSK Vaccines), ont injecté la souche initiale du coronavirus SARS-CoV-2 dans le plasma d'un patient convalescent pour voir comment le virus réagissait. Durant 38 jours, le plasma a neutralisé le virus sans problème même dilué 640 fois. Mais le rapport de force n'a pas tardé à s'inverser.
Trois mutations qui suffisent à anéantir l’efficacité des anticorps
Au bout du 45e jour, une première mutation échappant aux anticorps est apparue sur la protéine de pointe sur 36 % des virions. Après un passage supplémentaire, cette mutation concernait 100 % des virions et avait déjà divisé l'efficacité du plasma par quatre. Après 12 passages et 80 jours, est alors apparue la fameuse mutation E484K, présente notamment chez les variants sud-africain et brésilien, et détectée récemment chez le variant anglais. À cette date, la capacité de résistance du sérum a encore été divisée par quatre. Ce dernier était alors déjà 16 fois moins neutralisant qu'au départ. Un troisième changement survenu après un dernier passage entre le 80e et le 90e jour (lorsque s'est arrêtée l'expérience) s'est accompagné « de l'abrogation complète de l'activité de neutralisation par l'échantillon plasmatique », écrivent les auteurs.
Les mutations successives neutralisent les anticorps en moins de 90 jours. © Rino Rappuoli et al., bioXriv, 2021
La dernière mutation, l'insertion spontanée d'une longue chaîne de 11 acides aminés à la position 248 de la protéine de pointe, est particulièrement intéressante car elle constitue une stratégie d'évasion immunogène bien connue décrite dans la grippe, le VIH-1 et d'autres virus. Mais alors que ce genre de mutation de grande ampleur met généralement des années à se produire, elle est ici intervenue en moins de trois mois !
Une échappatoire supplémentaire contre les lymphocytes T
Et les mauvaises nouvelles ne s'arrêtent pas là. Selon une autre récente étude publiée dans Science Immunology, certains peptides mutants du virus ne se lient pas efficacement aux protéines de la surface des cellules infectées. Cela signifie que ces cellules ne peuvent pas être reconnues par les lymphocytes T CD8+, chargés de les détruire. « Ces peptides mutants diminuent la multiplication des lymphocytes T, retardent la production de facteurs inflammatoires tels que l'IFN-γ et interrompent l'activité globale de destruction cellulaire des lymphocytes T tueurs », relatent les auteurs de l'étude, qui ont examiné 747 séquences génétiques du virus afin d'identifier ces mutations clés.
Une nouvelle d'autant plus inquiétante que les immunologistes estimaient jusqu'ici que l'action des lymphocytes T pouvait compenser une efficacité amoindrie des anticorps. De plus, certains vaccins comme ceux à ARN induisent une réponse contre un nombre limité d'épitopes reconnus par les CD8+, ce qui signifie que quelques mutations du virus pourraient suffire à affaiblir leur efficacité.
futura
Les résultats de cette étude pré-publiée sur le site bioRxiv font froid dans le dos. Une équipe de chercheurs vient de mettre en évidence la capacité incroyable du virus à muter pour échapper aux anticorps. Les chercheurs, menés par Rino Rappuoli (le chef de la R&D externe de GSK Vaccines), ont injecté la souche initiale du coronavirus SARS-CoV-2 dans le plasma d'un patient convalescent pour voir comment le virus réagissait. Durant 38 jours, le plasma a neutralisé le virus sans problème même dilué 640 fois. Mais le rapport de force n'a pas tardé à s'inverser.
Trois mutations qui suffisent à anéantir l’efficacité des anticorps
Au bout du 45e jour, une première mutation échappant aux anticorps est apparue sur la protéine de pointe sur 36 % des virions. Après un passage supplémentaire, cette mutation concernait 100 % des virions et avait déjà divisé l'efficacité du plasma par quatre. Après 12 passages et 80 jours, est alors apparue la fameuse mutation E484K, présente notamment chez les variants sud-africain et brésilien, et détectée récemment chez le variant anglais. À cette date, la capacité de résistance du sérum a encore été divisée par quatre. Ce dernier était alors déjà 16 fois moins neutralisant qu'au départ. Un troisième changement survenu après un dernier passage entre le 80e et le 90e jour (lorsque s'est arrêtée l'expérience) s'est accompagné « de l'abrogation complète de l'activité de neutralisation par l'échantillon plasmatique », écrivent les auteurs.
Les mutations successives neutralisent les anticorps en moins de 90 jours. © Rino Rappuoli et al., bioXriv, 2021
La dernière mutation, l'insertion spontanée d'une longue chaîne de 11 acides aminés à la position 248 de la protéine de pointe, est particulièrement intéressante car elle constitue une stratégie d'évasion immunogène bien connue décrite dans la grippe, le VIH-1 et d'autres virus. Mais alors que ce genre de mutation de grande ampleur met généralement des années à se produire, elle est ici intervenue en moins de trois mois !
Une échappatoire supplémentaire contre les lymphocytes T
Et les mauvaises nouvelles ne s'arrêtent pas là. Selon une autre récente étude publiée dans Science Immunology, certains peptides mutants du virus ne se lient pas efficacement aux protéines de la surface des cellules infectées. Cela signifie que ces cellules ne peuvent pas être reconnues par les lymphocytes T CD8+, chargés de les détruire. « Ces peptides mutants diminuent la multiplication des lymphocytes T, retardent la production de facteurs inflammatoires tels que l'IFN-γ et interrompent l'activité globale de destruction cellulaire des lymphocytes T tueurs », relatent les auteurs de l'étude, qui ont examiné 747 séquences génétiques du virus afin d'identifier ces mutations clés.
Une nouvelle d'autant plus inquiétante que les immunologistes estimaient jusqu'ici que l'action des lymphocytes T pouvait compenser une efficacité amoindrie des anticorps. De plus, certains vaccins comme ceux à ARN induisent une réponse contre un nombre limité d'épitopes reconnus par les CD8+, ce qui signifie que quelques mutations du virus pourraient suffire à affaiblir leur efficacité.
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