L'origine génétique des algériens - Histoire d' Algérie

[Carthage]

Il ne s'agit pas de Gedmatch mais d'Eurogènes.

GedMatch utilise la base de données Eurogènes (K9,K9b, K10, K11,K12, K12b, K36 ...) avec l'outil Ad-Mix....

Leur base de données n'est pas bonne pour l'Afrique du Nord, seul 23andme possède une base valable pour notre région.
Même la nouvelle base de données de MyFTDNA n'est pas très précise.

[marocain88]

@carthage
tout a fait, la base Eurogene K13 est ancienne (13 clusters), pareil pour K36 (36 clusters).
Depuis Eurogène a créé un nouveau type de base génétique dans laquelle il retranscrit tous les échantillons, cela s'appelle G25: 25 car c'est un espace vectoriel de 25 dimensions (précisément c'est une PCA avec 25 composants).
Je t'invite a jeter un oeil a la base.

(pour rappel, K13 et K36 était sur une espace vectoriel à 7 dimensions).

[yuyu]

@Carthage

Il y a deux grandes catégories de tests génétiques :
- Autosomal : Pourcentage du génome d’un groupe ethnique.
- Lignées parentales mtDNA pour la lignée maternelle et Y-DNA pour la lignée paternelle.

Ces deux lignées persistent dans le génome, mais leur implication sur le caractère ethnique d’un individu est insignifiante, exemple :
Un Marocain a immigré en France en 1700, et il a fondé une famille avec une française, en l'an 2000 le petit … petit fils (10ème génération) effectue un test génétique : son Y-DNA est bien nord-africain « EM81 par exemple», mais le pourcentage de génome marocain n’excède pas 0.05% (1/2^10).

l'exemple du marocain immigré est valable dans ce contexte, mais â l'échelle d'une population c'est différent : la proportion des haplogroupes et la récurrence du profil des haplogroupes sont aussi un indicateur indirect des origines de la population (notamment communes et historiques) puisque les lignées ne changent pas et se transmettent généralement au sein de la population, d'autres ancêtres peuvent bien sûr ne pas être représentés par les lignées de nombreux individus mais ils sont censés laisser des traces dans la présence des autres lignées/haplogroupes sachant qu'elles ne changent pas et que les individus transmettent forcément leurs haplogroupes, donc dans ce cas ces lignées se retrouvent généralement dans la population.

l'adn autosomal étant limité a environ 10 générations (~300 ans), il ne permet pas d'extrapoler les résultats à des origines historiques et anciennes, l'autre point important c'est qu'il concerne d'abord les individus, pour les populations c'est comparé avec des populations de référence mais elles sont définies selon des bases de données limitées et des critères de catègorisation pas forcément représentatifs (groupements géographiques par exemple) donc qui donnent des resultats plus variables, reste que ça précise très bien le degré de correspondances entre les individus et ces catégories au delà de leur représentativité.

[marocain88]

@YUYU
je ne sais pas d'ou tu sors cette histoire de 300 ans, c'est une fake news qui ne circule que chez les maghrebins, une facon de refuser leur origine berbere certaineemnt. Mais je te confirme que l'on peut comparer les populations avec des ancêtres bien plus anciens (par exemple 6000 - 7000 ans et même au-dela).
si vous le souhaitez, je veux bien vous faire un modèle du début du néolithique / fin du paléolithique, mais bon, je ne sais pas si cela va interesser grand monde ici de connaitre son lien avec les Natufiens, les Iberomaurusiens ou les premiers indo-européens.

[yuyu]

@marocain88

ceux qui nient les origines berbères vont plutôt dans le sens de cette vidéo à mon avis (que je critique depuis le départ).

10 générations (~300 ans) pour la limite du test autosomal sur un individu (ou alors j'ai raté quelque chose)

Je suis d'accord pour la comparaison des populations archéologiques, je parlais plutôt des migrations (itinéraire et datations) qui se tracent via les haplogroupes.

[Hallaj]

Bravo pour ton travail marocain88, quelle rigueur. Tu devrais partager ton savoir sur YouTube car c'est vraiment rare de tomber sur des vidéos sérieuses sur ce sujet.

[sammy]

La vidéo a déjà été publiée il y'a quelques année, et je trouve pour ma part, son contenu fort intéressant.

Par contre, mis à part, la ptite curiosité scientifique par rapport à l'origine de ma fatcha , je ne trouve aucun intérêt au résultat, si demain, on me dit que mon ADN est à 60% italien ce n'est pas pour autant que, moi, algérienne, je vais me mettre à parler, manger et vivre à l'italienne, de meme que si l'on me disait que je suis 100% berbère ou 100% arabe, ma réponse sera toujours ''viva l'Algérie'' après un ''one, two, tree'' oeilfermé

Classer et différencier les humains selon leurs appartenances ethniques relève du racisme dans sa forme la plus basique oeilfermé

[marocain88]

@YUYU
en fait, il n'y a pas de limite de temps aux tests autosomaux puisqu'ils servent à construire des arbres phylogénétiques du vivant et permettent donc de confirmer nos origines simiesques.

Ces histoires de 300 ans (parfois 500) n'apparaissent que sur les sites maghrebins. Pour info, les entreprises US communiquent sur la date de 500 ans car leur population de référence sont basées sur le début de l'ère colombienne (découverte des Amériques), mais personne ne dit que c'est une limite technique.

[marocain88]

@sammy
en tant qu'Algérien, la probabilité que tu sois 100% Berbere, 100% Arabe ou 100% Italien est proche de 0.


Concernant ta dernière remarque: il ne s'agit pas de classer les gens par apparence. Les gènes qui codent pour la couleur des yeux, des cheveux et de la peau sont relativement peu nombreux comparés à l'ensemble du génome.

[marocain88]

@Hallaj
merci pour ce compliment

[Carthage]

@carthage
tout a fait, la base Eurogene K13 est ancienne (13 clusters), pareil pour K36 (36 clusters).
Depuis Eurogène a créé un nouveau type de base génétique dans laquelle il retranscrit tous les échantillons, cela s'appelle G25: 25 car c'est un espace vectoriel de 25 dimensions (précisément c'est une PCA avec 25 composants).
Je t'invite a jeter un oeil a la base.

(pour rappel, K13 et K36 était sur une espace vectoriel à 7 dimensions)..

Bonjour à tous,

@Marocain88,
Merci pour l'info.
Je suppose que les interpolations dans un espace de 25 dimensions nécessitent une puissance de calcul plus importante...
Je vais essayer le modèle G25 avec mes données bruts et faire une comparaison avec 23andme.

[marocain88]

En effet, les calculs utilisés en G25 nécessite des temps de calculs plus long. donc si tu fais l'analyse sur ton navigateur (outil en ligne) ca plante souvent.
Perso, j'utilise le logiciel R, ca permet de faire des analyses sur de très nombreux échantillons assez rapidement.

[yuyu]

@marocain88

en fait, il n'y a pas de limite de temps aux tests autosomaux puisqu'ils servent à construire des arbres phylogénétiques du vivant et permettent donc de confirmer nos origines simiesques.

Ces histoires de 300 ans (parfois 500) n'apparaissent que sur les sites maghrebins. Pour info, les entreprises US communiquent sur la date de 500 ans car leur population de référence sont basées sur le début de l'ère colombienne (découverte des Amériques), mais personne ne dit que c'est une limite technique.

Ok, il me semblait que cette limite de 10 generations (~300 ans) est plus une limite de pertinence que de temps (trop faible part d'adn reçu des ancêtres au delà de cette limite), mais l'adn autosomal c'est large donc peut ètre qu'il est plus question de degré de parenté que d'origines sur ce point, merci en tout cas.

[mmis_ttaq-vaylit]

cher frere Marocain88,

Knowledge is power.
Je te prie de le faire. Moi je suis interesse'. Je me ferai un plaisir de te lire.
et merci d avance. En plus, si tu rajoutes des references ce serait formidable. (je suis un scientifique mais pas dans ce domaine).

si vous le souhaitez, je veux bien vous faire un modèle du début du néolithique / fin du paléolithique, mais bon, je ne sais pas si cela va interesser grand monde ici de connaitre son lien avec les Natufiens, les Iberomaurusiens ou les premiers indo-européens.

[Carthage]

@ Marocain88

J'ai essayé d'utiliser G25 Studio, mais je dois convertir mes données "raw" 23andme d'abord.

Le processus de conversion n'est pas très "safe", je dois envoyer mes données bruts à des petites structures tel-que DNA LAND ou autres....

D'un autre coté, selon les forums, le modèle G25 est meilleur et de loin aux autres modèles tel-que K36, mais il ne rivalise pas avec les solutions commerciales comme 23andme.