L'origine génétique des algériens - Histoire d' Algérie

[Harrachi78]

@Marocain88

... tu apportes tes donnés génétiques, car moi j'ai apporté les miennes ...

Répétons encore une fois ce que tu fais mine de ne pas comprendre : tu avances des "chiffres", c'est à toi de les expliquer et non pas à moi. Pour cela, il faut nous éclairer un peu sur deux ou trois axes principaux : la taille et la consistance de l'échantillon ainsi que les paramètres qui servent à classifier les sujets en "Berbères", "Arabes", "Grecs" ... etc.

Si tu es incapable de fournir ces explications en termes simples et succints il faut le dire, au lieu de flooder tes interlocuteurs avec une masse de données incompréhensibles et inverifiables, ce qui est -soit dit en passant- la méthode typique d'un (vrai) troll. Moi, je n'ai encore rien affirmé, ni prétendu, ni supposé, ni suggéré. Je suis encore au stade de comprendre la soi-disant méthode qui t'aurais permis d'affirmer ce que tu affirmé là.

... je suis prêt a dialoguer avec quelqu'un qui remet en cause des distances génétiques, une matrice de transformation, des indices de confiance, etc. ...

2. Je n'ai pas à te fournir de contre-données puisque mon questionnement porte sur une explication et clarification du contenu que tu as déposé, et non encore sur une contestation du résultat. Sinon, les "blogs" et autres "projects" comme ceux que tu invoques peuplent le net à foison (justement) et il te suffira de nous énumérer ceux que tu as éliminé lors de ton choix pour avoir de la contradiction à gogo. A d'autres donc la methode gorger mes postes de charabia technique pour donner l'impression de venir de Saturne : quels sont les critères de classification ? Quelle est la taille et la consistance de l'echantillon ? Trop simple pour l'esprit supérieur que ta "race" t'a légué ?

... tu te places sur un débat idéologique, j'ai la vague impression que l'idée d'avoir des origines berberes, te dégoute; et que tu n'es pas prêt pour cette réalité ...

Pour l'heure, c'est plutôt toi qui consacre le 1/3 de chacun de tes postes ici pour disserter sur la psychologie supposée de ton interlocuteur, ses convictions politiques éventuelles et même statuer sur ces goûts et dégoûts. Commence donc par nous éclairer sur les quelques points de méthode évoqués plus haut. On aura ensuite tout loisir à démonter très méticuleusement l'immonde lecture raciste et racialiste que tu fais d'un domaine bien moins locace que tu ne le prétends.

[marocain88]

@harrachi
et c'est reparti pour une tonne de blabla
-> Alors je repose mes questions: Peux tu mettre un lien vers tes résultats génétiques que tu affirmes etre différents des résultats génétiques que j'ai postés.


@ All Others readers
Pour rappel et ceux qui viendraient d'arriver, voici les résultats génétiques pour les Algériens obtenus a partir de l'algorithme K-MEANS.

https://i.ibb.co/XD3L2dH/genetic-admixture-algeria.jpg

@ Post Scriptum
Pour ceux qui s'interessent au sujet, voici une vidéo explicative de l'algorithme K-MEANS


Another study
Et pour ceux qui veulent un exemple, voici une étude génétique sortie en janvier 2021 sur la péninsule arabique et qui reprend les mêmes processus et les memes camembert.

https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1009210#pgen.1009210.s001

[Harrachi78]

@Marocain88

En quelques mots:

- Quelle est la taille et la consistance de l'échantillon utilisé ?

- Quels sont les critères de classification des sujets en "Berbère", "Arabe" ... etc. ?

[marocain88]

@harrachi
j'ai posté un message qui prend au moins une heure a comprendre (meme pour un initié comme moi) et toi tu réponds en 5 min.
Avant de répondre a tes questions, réponds d'abord aux miennes et prend le temps de lire les documents que je poste:
1. peux tu mettre tes résultats génétiques
2. as tu pris le temps d'écouter la vidéo (c'est en anglais, mais je pense que tu parles anglais).
3. as tu pris le temps de lire l'étude génétique sur les saoudiens /qatari et de consulter l'ensemble des documents s'y rapportant.


PS: si tu me réponds dans moins d'une heure, ca veut dire que tu ne prends meme pas le temps de lire les documents qu'on t'envoie et comme d'habitude, tu trolles.

[marocain88]

@harrachi
1. Taille des échantillons de la population arabe étudiées (900 individus)

2. les populations références: je te renvois a l'algo K-MEANS qui l'explique ou alors à l'étude génétique des saoudiens, c'est le même principe.

[Harrachi78]

@Marocain88

1. Bien, voilà qui est enfin clair pour ce point.

2. Ne me renvois nulle part. Expliques nous en quelques mots comment classe-ton un sujet X des 900 disponibles dans la catégorie "Berbère" ou autre.

[marocain88]

1. question claire, réponse claire
2. regarde la vidéo, mais grosso modo le principe est d'identifier des clusters au sein d'un groupe d'individus.

[Harrachi78]

@Marocain88

1. La même question sous la meme forme à été répetée 4 fois plus haut avant d'obtenir réponse.

2. La question ici ne portait pas sur l'aspect mathématique mais biologique : on identifie un sujet X comme appartenant à la catégorie A ou B ou autre selon quel critère au juste ?

[marocain88]

2. justement c'est la force des algorithmes que d'etre capable d'identifier des clusters non apparents pour le biologiste. sinon les biologistes ne feraient pas appel a l'analyse de données.
le principe de l'analyse de données c'est justement d'etre capable de révéler des choses qui ne sont visibles qu'a large échelle.

Je t'invite a lire de bouquins sur le big data.

[Harrachi78]

@Marocain88

2. Ca ne répond aucunement à la question posée, qui est pourtant simple : selon quel critère génétiques classe-on un (1) sujet X parmi les 900 disponibles dans la colonne A ou B ou C ?

[marocain88]

2. tu penses que tu peux avoir un cours sur l'analyse de données sur un forum ?
tu penses que tout peut se disserter sur un forum ?
si tu t'intéresses vraiment au sujet, tu dois etre capable d'aller lire et visionner les ressources scientifiques sur le sujet.

PS: il existe des cours en ligne sur le big data, l'analyse de données et meme sur l'algorithmique et la maitrise des logiciens tel que R ou Matlab.
Beaucoup de ces MOOC sont gratuits.

Donc pour en revenir a la discussion, voici les résultats issus de l'analyse d'un échantillon de 900 individus du monde arabe,
les résultats pour l'Algérie

https://i.ibb.co/XD3L2dH/genetic-admixture-algeria.jpg

les résultats pour d'autres pays arabes

https://i.ibb.co/PgnW8MQ/admixture-egypt-arabie.jpg

[Harrachi78]

Epilogue

Question : Selon quel critère génetique dois-je placer chaque unité de la liste des 900 sujets dans l'une des trois ou quatre catégories disponibles ?

Réponse : Il faut suivre des cours de statistiques pour connaître le critère biologique en question.

Conclusion : Il faut suivre un cursus de mathématiques pour pouvoir être biologiste.

Moralité : C'est probablement cette logique foireuse qui explique qu'un individu qui se prétend savant puisse pondre des propos de ce genre sans que les cellules et glandes supposées faire rougir dans son métabolisme ne réagissent correctement :

... si l'arabisation a été une réussite en Algérie et au Maroc, c'est parce que notre physique ressemble a ceux des arabes, car nous vivons a peu près sous la meme latitude, donc couleur de peau identique. Pour les somaliens noirs, et les éthiopiens, l'arabisation a été un échec, et la question raciale l'explique.

L'impossibilité d'intégration des maghrebins en France au dela de l'islam, s'explique aussi par la couleur de peau.

Marocain88, post #42

[marocain88]

@harrachi
encore une fois, tu trolles.
le sujet n'est pas biologique en effet. Les biologistes et généticiens sont la pour remplir la base de données, mais l'analyse données est un métier de mathématiciens.

donc OUI si tu veux comprendre, tu dois a minima essayer de comprendre les mathématiques qui sous-tendent tout cela.

[FrozenRose]

Marocain88,

Si tu appuies tes résultats uniquement avec la technique du clustering K-means, c'est un peu faible et très contestable.
Certes, c'est un algorithme très répandue par la facilité d'interprétation et d'exécution mais il est critiqué dans la communauté scientifique.
Il est existe des algorithmes bien plus élaborés.
Avec cet algorithme, des modèles sont évalués et des ensembles de données similaires sont regroupés, d'où l'appellation "clustering" mais en quoi la technique est contestable?
J'ai déjà eu l'occasion de travailler avec cet algorithme et une de ses tares c'est qu'il donne des résultats variables sur différentes exécutions d’un algorithme. Autrement dit, un choix aléatoire de modèles de clusters produit différents résultats, ce qui entraîne une incohérence.
De plus, on obtient tjrs des clusters de taille uniforme même lorsque les données d’entrée ont des tailles différentes.
Un autre point: comment tu ordonnes tes données lors de la construction des données, affecte significativement les résultats de l’ensemble de données.
En résumé, on peut faire ce qu'on veut avec et orienter les résultats comme on veut. Il suffit de changer les paramètres ou d'établir un ordre précis.

[marocain88]

@frozenrose
en effet, tu pointes la un effet pervers des algo en général, la sensibilité aux valeurs initiales ou la manière dont les données sont rangées.
c'est la raison pour laquelle, je maximise volontairement le nombre de cluster (paramètre K dans l'algo) quitte a en supprimer par la suite. La tache est fastidieuse, par exemple dans le cas présent, je n'ai retenu que 8 clusters finaux, mais j'ai lancé l'algo avec 32 clusters.

Pour supprimer des clusters, la démarche est manuelle et longue, je ne garde que les clusters qui maximisent leur présence dans une population donnée et dont la suppression entraine une évolution significative de l'erreur en terme d'admixture (augmentation de la distance euclidienne résiduelle que j'ai fixée arbitrairement à 0,02 dans la PCA choisie initialement).

si tu veux faire l'exercice, je veux bien te communiquer la base de donnée anonymisée et tu pourras t'amuser à proposer des clusters différents et un nombre différent. Est ce que cela va changer les choses, c'est possible, mais à la marge. Par exemple, en ce moment, j'essaie de voir s'il est possible d'identifier des clusters différents entre Berbere de l'est (Tunisie/Algérie) et Berbere du sud (Souss). car il est possible que derrière la dénomination berbere se cache en réalité des origines différentes historiquement parlant. Mais ce type d'action prend du temps.